Τα 400 χρόνια Τουρκικής κατοχής υπήρξαν εφιαλτικά για τον Ελληνισμό. Οι υπόδουλοι υπέμεναν προσβολές της αξιοπρέπειάς τους, βίαιους εξισλαμισμούς, βαρύ κεφαλικό φόρο και – το κυριότερο – το παιδομάζωμα. Οι Έλληνες συσπειρωμένοι γύρω από το Πατριαρχείο αποδίδονται σε μια παθητική προσπάθεια εθνικής επιβίωσης, που συνίσταται στη στοιχειώδη εκπαίδευση των νέων (κρυφό σχολειό), τη μετανάστευση (παροικίες εξωτερικού) ή τη διέξοδο προς δυσπρόσιτες περιοχές, όπου η παρουσία των Τούρκων δεν ήταν καταλυτική (Άγραφα, Μάνη, Σούλι, Σφακιά).
Στα τέλη του 18ου αιώνα και στις αρχές του 19ου η παθητική αυτή στάση μετατρέπεται σε μια δυναμική, που θα οδηγήσει στην επανάσταση του 1821. Αγωνιστές όπως ο Κολοκοτρώνης, ο Καραϊσκάκης, ο Νικηταράς, ο Διάκος, ο Πανουργιάς, ο Δυοβουνιώτης, ο Μπότσαρης και συνεπικουρούμενοι από άξιους κληρικούς, όπως ο Παλαιών Πατρών Γερμανός, ο Παπαφλέσσας, ο Σαλώνων Ησαΐας και ο Πατριάρχης Γρηγόριος ο Ε΄, θα κατορθώσουν να δώσουν εθνική υπόσταση στο υπόδουλο γένος και να καταστήσουν την Ελλάδα και πάλι ελεύθερη.

Τα εδάφη που κατέκτησαν οι Τούρκοι στον κυρίως Ελλαδικό χώρο διαιρέθηκαν σε έξι κύριες επαρχίες (“πασαλίκια”): το Μοριά (Πελοπόννησος), το Νεγρεπόντε (Εύβοια και Ανατολική Στερεά), την Ήπειρο (Δυτική Ελλάδα), τη Σαλονίκη (Μακεδονία), την Κρήτη και τα νησιά του Αιγαίου, που διοικητικά ανήκαν στον καπουδάν πασά, αρχηγό του στόλου. Η περιοχή της Δεσφίνας ή Ντεσφίνας, όπως ονομαζόταν τότε, ανήκε διοικητικά στο πασαλίκι του Νεγρεπόντε.
Κατά τα τελευταία χρόνια της Τουρκοκρατίας η Φωκίδα ήταν διαιρεμένη σε τρία βιλαέτια: των Σαλώνων, του Μαλανδρίνου και του Λιδορικίου· απ’ αυτά το μεν πρώτο ανήκε διοικητικά στο σαντζάκιο (νομός) του Ευρίπου και τα άλλα δύο στο σαντζάκιο της Ναυπάκτου. Στη Δεσφίνα δεν κατοικούσαν Τούρκοι ούτε Αλβανοί και η φορολογία ήταν ενοικιασμένη από ντόπιο, ο οποίος έδινε λογαριασμό στο βοεβόδα Σαλώνων για τη δεκάτη (φορολογία του 1/10 του εισοδήματος), δύο παράδες για κάθε ζώο και πέντε πιάστρες χαράτσι για κάθε άντρα του χωριού.
Η μη εγκατάσταση Τούρκων στο χωριό μπορεί να εξηγηθεί είτε λόγω της έλλειψης πλούσιων καλλιεργήσιμων εδαφών είτε λόγω του γεγονότος ότι η χερσόνησος πάνω στην οποία είναι χτισμένη η Δεσφίνα προσφέρεται ως ορμητήριο ατάκτων ενόπλων σωμάτων των υπόδουλων Ελλήνων.
Ένοπλες εξεγέρσεις των υπόδουλων Ελλήνων στην περιοχή έγιναν αφορμή για καταστροφή του Γαλαξειδίου το 1574 και το 1660.
Στα τελευταία χρόνια πριν απ’ την απελευθέρωση η Δεσφίνα θα περάσει στα χέρια του διαβόητου Αλη-πασά, ο οποίος εκμεταλλεύτηκε οικονομικά την περιοχή εις βάρος των κατοίκων.
Συγκεκριμένα ήθελε να καταστήσει τη Δεσφίνα τσιφλίκι του και για να πετύχει το σκοπό του έφερε στα Γιάννενα τους πρόκριτους του χωριού, τους οποίους πίεζε να συναινέσουν στην παραχώρησή του. Αυτοί αρνήθηκαν σθεναρά και ο Αλή-πασάς τους φυλάκισε, με αποτέλεσμα να βρουν το θάνατο δύο απ’ αυτούς, οι Κρομμύδας και Μαντζώρος.

Εικόνα από το παλιό Μοναστήρι Τιμίου Προδρόμου.
Υπάρχει όμως και μια τοπική παράδοση, σε δύο παραλλαγές, σχετικά με τον Αλή-πασά και τη Δεσφίνα: Λέγεται ότι ένας Δεσφινιώτης ιερέας, ο Παπαστάθης, επιστρέφοντας από την Αντίκυρα (σύμφωνα με τη δεύτερη παραλλαγή, από τους Δελφούς) και βαδίζοντας μέσα σε χιονοθύελλα, συνάντησε έναν Αλβανό υπαξιωματικό, ο οποίος ψυχορραγούσε από τον πυρετό. Τον μετέφερε με το μουλάρι του στη Δεσφίνα και τον περιέθαλψε. Ο Αλβανός αυτός έμελλε να γίνει ο μετέπειτα πασάς των Ιωαννίνων Αλής, ενώ ο ιερέας ήταν ο πατέρας του εθνεγέρτη επισκόπου Ησαΐα.
Το 1806 επισκέφτηκε τη Δεσφίνα ο περιηγητής Leake, ο οποίος γράφει για το χωριό:
“ Αφού έφυγα απ’ τ’ Άσπρα Σπίτια στη 1.35΄ και ανέβηκα το πετρώδες βουνό πίσω του χωριού από μονοπάτι εξαιρετικής ανηφοριάς, μπήκα στις 2.20΄ σε οροπέδιο κλεισμένο από τ’ αριστερά με το γυμνό βουνό Ξερογιάννη κι απ’ τα δεξιά με το Σομαλέσι, ιδίας συστάσεως. Στα μισά της πεδιάδος Δεσφίνας μπήκαμε στ’ Αμπέλια με τα πατητήρια στην πλευρά, για την κατεργασία των σταφυλιών. Στους πρόποδες του βουνού Ξερογιάννη, κρυμμένο από το δρόμο, μέσα σε ρέμα, είναι το μοναστήρι του Άϊ-Γιάννη, απ’ το οποίο το βουνό παίρνει τ’ όνομα.
Τα χωράφια της περιφέρειας Δεσφίνας σπέρνονται κάθε δεύτερη χρονιά με κριθάρι και σιτάρι, εκτός ορισμένων τμημάτων μεταξύ βράχων που καίουν τους θάμνους, ή εκεί που το έδαφος κοπρίζεται απ’ τα πρόβατα και γίδια, τα οποία καταφεύγουν εκεί γι’ απάγγειο σε κακοκαιρία. Αυτού σπέρνουν κάθε χρόνο και χωρίς προπαρασκευή του εδάφους.
Το χωριό Δεσφίνα ή Τζεσφίνα, κείται στη δυτική πλαγιά ψηλού πετρώδους λόφου, στην κορυφή του οποίου στέκεται εκκλησάκι με μεγάλο πουρνάρι. Περιλαμβάνει 170 οικογένειες, περισσότερες των οποίων κατοικούν σε σπίτια με δύο πατώματα και αναπαυτικά, συγκρινόμενα με τις φτωχικές αγροικίες των χωρικών Αλβανικής φυλής στην Αττική και Βοιωτία. Εδώ, καθώς και στην Αράχωβα και μακρύτερα προς δυσμάς, η Αλβανική γλώσσα είναι σπάνια, αν και τόσο κοντά στα χωριά και Μοναστήρια του Ελικώνα που ομιλείται γενικά και πολλές των γυναικών δεν γνωρίζουν Ελληνικά.
Καίτοι η Δεσφίνα υπάγεται στο διαμέρισμα Σαλώνων, όπου μεγάλο τμήμα του ανήκει στους Τούρκους, εδώ δεν υπάρχει Τούρκος κάτοικος ή ιδιοκτήτης στην περιφέρεια Δεσφίνας.
Τα Μοναστήρια πληρώνουν μονάχα το χαράτσι για τους ενοίκους, τη δεκάτη για τα κτήματα και το “ασπροκέφαλο” ήτοι ένα γρόσι φόρο κατά κεφαλή για τα ζώα όλων των ειδών.
Τελευταία – αν τέτοια λέξη μπορεί να χρησιμοποιηθεί οριστικά στην Τουρκία, ομιλούντες για φόρους – υποχρεώθηκε το χωριό να εισφέρει 48 πούρσες το χρόνο στο βοεβόδα, να ενισχύσει αυτόν στην ικανοποίηση των απαιτήσεων του Αλή-πασά.
Όταν ρώτησα αν είδαν πριν στη Δεσφίνα ταξιδιώτη σαν εμένα, δεν θυμούντανε κανένας, εκτός ενός που είδε μερικούς στην Αράχωβα που λέγονταν Μιλιόρδοι.
Περί το μίλι δυτικά του χωριού, στους πρόποδες πετρώδους προεξοχής του βουνού, η πεδιάδα καλύπτεται με πλημμύρισμα, που συνήθως παραμένει ως το Μάη.
Δημιουργείται από το χείμαρρο της Δεσφίνας και πιστεύω ότι υπάρχει καταβόθρα, δια της οποίας τμήμα νερού αδειάζει στον κόλπο της Κρίσσας. Κι απ’ τις δυό πλευρές του χωριού, ακόμη και στους βράχους στο επάνω μέρος του, παρατηρούνται αρχαίες σαρκοφάγοι, αλλ’ όλες μικρές και ικανές να περιλάβουν μονάχα ένα σώμα. Υπάρχουν και μερικές άλλες στα νότια του χωριού σκαμμένες στην πρόσοψη του βράχου που υψώνεται από την απέναντι όχθη του ρέματος. Τα κατάλοιπα αυτά, μικρά όπως είναι, είναι αρκετά να δείξουν ότι η Δεσφίνα πιάνει τη θέση Ελληνιστικής πόλεως. Κλίνω να θεωρήσω αυτή ότι ήταν η Μεδεών”.
Πηγή: Εργασία μαθητών εν έτη 1995 στο Γυμνάσιο Δεσφίνας – Καθηγητής Γ.Ν Σωτηρόπουλος.